当科は2005年5月に脳死肺移植実施施設に認定されました。日本で肺移植を行うことができるのは岡山大学医学部附属病院、京都大学医学部附属病院、大阪大学医学部附属病院、東北大学病院、獨協医科大学病院、福岡大学病院、長崎大学病院、千葉大学医学部附属病院、東京大学医学部附属病院、藤田医科大学病院、10施設です。
　もともと当科は1966年（昭和41年）に日本で2例目、世界で6例目の肺移植を行なった施設であり、一貫して肺移植の研究に取り組んで参りました。2008年４月に、肺胞蛋白症に対し本邦初めての肺移植を成功させ、その後も脳死肺移植も併せて積極的に取り組んでいます。2021年6月現在、合計18例　脳死14例（10例片肺、4例両肺）、生体肺葉4例 を行っています。