2005年5月31日、長崎大学病院は脳死肺移植の指定施設として認定されました。これまでの指定施設は、東北、京都、大阪、岡山の4大学のみでしたが、九州でも肺移植ができることになりました。もともと当科は前身の長崎大学医学部第1外科教室、故辻泰邦教授が1966年（昭和41年）に日本で2例目、世界で6例目の肺移植を行なった施設であり、その後も一貫して肺移植の研究に取り組んで参りました。

　肺移植の適応基準は、肺・心肺移植関連学会協議会によって定められた、「肺・心肺移植レシピエントの適応基準」（1997年修正）を遵守することになっています。

1. 治療に反応しない慢性進行性肺疾患で、肺移植以外に患者の生命を救う有効な治療手段が他にない。
2. 移植医療を行わなければ、残存余命が限定されると臨床医学的に判断される。
3. 移植を受ける患者の年齢は、両肺移植の場合55歳未満、片肺移植の場合には60歳未満である。
4. 患者本人が精神的に安定しており、移植医療の必要性を認識し、これに対して積極的態度を示すとともに、家族及び患者をとりまく環境に十分な協力体制が期待できる。
5. 移植を受けた本人が、移植手術後の定期的検査と、それに基づく免疫抑制療法の必要性を理解でき、心理学的・身体的に十分耐えられる。