当教室は開講100年という長い歴史を背景に、多くの関連病院を有しています。大学では稀な疾患や特殊な疾患を扱うことが多くなります。一方関連病院での研修は、皮膚科の一般的な疾患をみるために重要です。長崎大学皮膚科の関連病院としては以下のものがあり、皮膚科専門医が医長であり、日本皮膚科学会の教育研修施設に指定されています。従って、皮膚科専門医養成のための教育が可能なシステムとなっています。五島・対馬などには大学病院勤務医が定期的に診療応援しており、離島での勤務はありません。