長崎大学医学部医学科の開祖ポンペ・ファン・メールデルフォールトは，長崎において，日本で初めて患者を主体とした医療を実践し，わが国の近代西洋医学教育を創立した。本学科は，ポンペの言葉「医師は自らの天職をよく承知していなければならぬ。ひとたびこの職務を選んだ以上，もはや医師は自分自身のものではなく，病める人のものである。もしそれを好まぬなら，他の職業を選ぶがよい。」を建学の基本理念とし，深い医学知識と豊かな創造性，高い倫理観を身につけた医師及び医学者を育成することを目標としている。この目標を達成するために，医学科では，1)基礎医学，臨床医学知識の総合的理解（医学を学ぶ），2)医科学的創造性の養成（科学を学ぶ），3)医師としての社会的責任感と人間性の確立（人間を学ぶ）を重視した教育を実施する。